La qualité des cours d'eau est conditionnée par une qualité d'eau, un régime hydrologqiue et la forme du lit et des berges (morphologie). Le régime hydrologique s'exprime sur le territoire du bassin versant. La qualité des eaux est conditionnée par la géologie propre au bassin versant et la nature des activités qui s'exercent sur le territoire. La morphologie des cours d'eau évolue dépendamment des flux d'eau, des flux de sédiments et des activités à l'échelle des vallées.

Les statuts d'EPIDOR donnent à l'établissement une mission d'amélioration des milieux. Sur le thème de la gestion du lit et des berges, la charte vallée Dordogne rapelle qu'afin d'accroître la prise en compte des phénomènes naturels dans les critères décisionnels individuels ou collectifs, il faut rechercher et mettre en oeuvre tous les moyens pour informer et sensibiliser les habitants, les collectivités et services gestionnaires de la vallée aux caractéristiques fondamentales des milieux, de la rivière et sur les statuts des espaces utilisés (domaine public, domaine privé, servitudes, zones protégées...).  Une gestion équilibrée, fondée sur la connaissance de l'écosystème, participe à la lutte contre la pollution, préserve la ressource en eau. La gestion écologique poursuit cet objectif qui vise à maintenir le potentiel écologique et l'exercice d'usages diversifiés. Un cours d'eau en "bonne santé" garantit le maintien des activités humaines, alors que des travaux hydrauliques abusifs (rectification, recalibrages) réduisent la capacité épuratoire de la rivière et l'alimentation des nappes alluviales.

EPIDOR collecte des informations pour mieux connaître l'écosystème de la rivière. Il identifie et fait connaître les enjeux du bassin pour adapter les politiques de gestion des cours d'eau auprès des acteurs locaux. Cette stratégie de sensibilisation s'établit soit à l'échelle de tronçons hydrographiques, soit à l'échelle des bassins versants des rivières.

Les principales modifications subies par les rivières du bassin de la Dordogne sont dues : aux impacts liés à la modification du transport sédimentaire (extraction de granulat, piégeage dans les barrages), aux impacts liés au régime hydrologique perturbé (modalités d'exploitation des barrages confisquant des crues morphogènes et générant des éclusées), aux conséquences de l'incision des cours d'eau (extraction de granulat, curage). D'autres modifications subies concernent la prolifération d'espèces invasives (Renouée du japon, Jussie aquatique...).

Pour l'axe Dordogne, EPIDOR a réalisé des schémas directeurs de gestion du lit et des berges à l'échelle d'unités hydromorphologiques homogènes. Ces schémas permettent de disposer d'un diagnostic partagé et propose des préconisations de gestion du lit et des berges. Les préconisations visent à favoriser les processus spontanés liés à la présence de la rivière. Le principe de non intervention est donc souvent mis en avant. Cependant, certaines interventions peuvent se justifier mais doivent être ciblée sur le problème à résoudre.