La vallée de la Dordogne abrite une biodiversité d'espèces végétales et animales remarquable à l'échelle nationale, européenne et mondiale. Ainsi de nombreuses espèces rares et menacées sur d'autres territoires subsistent dans la vallée de la Dordogne et notamment autour des milieux aquatiques.

On peut citer parmi celles-ci : 

• les poissons migrateurs (dont en particulier l'esturgeon, le saumon),
• les mammifères (la loutre d'europe, le visond'europe),
• les oiseaux (le héron bihoreau,le merle de roche, les hirondelles de rivages),
• les reptiles (la cistude), les batraciens (grenouille agile),
• les mollusques (moule perlière, grande mulette),
• les insectes (agrion de mercure, damier de la sucisse),
• les chiroptères ( rhinolophes),
• les végétaux (angélique des estuaires, flûteau nageant).

La protection de la plupart de ces espèces répond à des engagements européens (notamment Directive Habitat Faune Flore et Directive oiseaux).